یکی از مشکلات کلان شهر مشهد، بحث زیست محیطی است؛ امری که برازنده پایتخت معنوی جهان اسلام نیست و باید با نگاه اجمالی بدان بررسی و عملیاتی در این ارتباط صورت بگیرد؛ به طوریکه این مسائل، قربانی دوره انتقال قدرت مدیریت شهری نشود.